Терапия синдрома раздраженного кишечника у жителей Вьетнама пробиотическими энтерококками

В данной работе проведено сопоставление состава микробиоты кишечника здоровых волонтеров и больных синдромом раздраженного кишечника (СРК) жителей Ханоя до и после терапии пробиотической закваской на основе бактериоциногенного штамма Enterococcus faecium L3 (L3), успешно использующегося для коррекции дисбиоза и терапии СРК в России.

У больных СРК (группа IBS) α-разнообразие было выше, чем в контрольной группе (Нealthy) и у больных СРК после терапии пробиотиком (группа IBS+L3). Филогенетический анализ исследуемых образцов отразил разделение исследуемых сообществ на 2 кластера, в один из которых сгруппированы образцы, преимущественно взятые при СРК до терапии. Метод главных компонент (РСоА) показал, что большинство образцов из группы IBS локализуются на графике в отдельном секторе, отдаленном от расположенных рядом образцов IBS+L3 и Нealthy. Исследование микробиома вьетнамцев больных СРК после приема пробиотика на уровне типов (филов) выявило тенденцию к увеличению представительства Firmicutes. Введение L3 приводило к возрастанию популяции представителей семейства Lachnospiraceae, таких как бутират продуцирующие Roseburia и ацетат продуцирующие Blautia. В то же время снижалось процентное содержание стафилококков и бактерий относящихся к семейству Enterobacteriaceae. Помимо позитивных сдвигов в функционировании желудочно- кишечного тракта, выявленных на основе клинических данных, при помощи метагеномного анализа генов 16S рРНК выявлены особенности микробиоты кишечника у жителей Ханоя с СРК при сравнении со здоровыми волонтерами и у тех же больных после терапии пробиотиком.

Позитивные сдвиги в микробиоме кишечника больных СРК во Вьетнаме после терапии пробиотической закваской на основе L3 принципиально не отличаются от описанных ранее эффектов, отмеченных авторами при использовании данного пробиотика в России, что создает предпосылки для расширения возможности его использования в азиатском регионе.

1. Соловьева О. И., Симаненков В. И., Суворов А. Н., Ермоленко Е. И., Шумихина И. А., Свиридо Д. А. Использование пробиотиков и аутопробиотиков в лечении синдрома раздраженной толстой кишки. Экспериментальная и клиническая гастроэнтерология – 2017. – Т. 143, № 7. – С. 115–120.

2. Ивашкин В. Т., Шелыгин Ю. А., Баранская Е. К., и соавт. Клинические рекомендации Российской гастроэнтерологической ассоциации, Ассоциации колопроктологов России по диагностике и лечению больных с синдромом раздраженного кишечника. Рос. журн. гастроэнтерологии, гепатологии, колопроктологии. – 2014. – Т. 24, № 2. – C. 92–101.

3. Xiong L. S., Chen M. H., Chen H. X., Xu A. G., Wang W. A., Hu P. J. A population-based epidemiologic study of irritable bowel syndrome in South China: stratifi ed randomized study by cluster sampling. Aliment. Pharmacol. Ther. 2004. Vol.19, pp.1217–1224. doi:10.1111/j.1365–2036.2004.01939.

4. Chey W. D., Kurlander J., Eswaran, S. Irritable bowel syndrome: aclinical review. JAMA. 2015. Vol. 313, pp.949–958. doi:10.1001/jama.2015.0954.

5. Zhuang X., Tian Z., Li L., Zeng Z., Chen M., Xiong L. Fecal Microbiota Alterations Associated With Diarrhea-Predominant Irritable Bowel Syndrome. Front. Microbiol. 2018. Vol. 25; 9:1600. doi:10.3389/fmicb.2018.01600. eCollection 2018.

6. Quigley E. M., Fried M., Gwee K. A., et al.; Review Team:. World Gastroenterology Organisation Global Guidelines Irritable Bowel Syndrome: A Global Perspective Update September 2015. J Clin Gastroenterol. 2016; 50(9):704–13. doi:10.1097/MCG.0000000000000653.

7. Liu H. N., Wu H., Chen Y. Z., Chen Y. J., Shen X. Z., Liu T. T. Altered molecular signature of intestinal microbiota in irritable bowel syndrome patients compared with healthy controls: A systematic review and meta-analysis. Dig Liver Dis. 2017; 49(4):331–337. doi:10.1016/j.dld.2017.01.142.

8. Ермоленко Е. И., Буй Т. Л. А., Карасева А. Б., Краева Л. А., Лавренова Н. С., Чан Т. Н., Богумильчик Е. А., Котылева М. П., Тан Н., Суворов А. Н. Характеристика энтерококков, выделенных из кишечника жителей Вьетнама и России при синдроме раздраженного кишечника. Гастроэнтерология Санкт-Петербурга. – 2017. – Т. 153. – С. 78–79.

9. Ermolenko E. I., Kudryavtsev I. V., Solovyova O. I., et al. Profile of subpopulation composition of regulatory T lymphocytes and intestinal microbiota in patients with irritable bowel syndrome. Medical Immunology (Russia). 2020; 22(2):335–346. doi:10.15789/1563–0625-POS-1905.

10. Lee B. J., Bak Y. T. Irritable bowel syndrome, gut microbiota and probiotics. J Neurogastroenterol Motil. 2011; 17(3): 252–66. doi:10.5056/jnm.2011.17.3.252.

11. Ford A. C., Harris L. A., Lacy B. E., Quigley E. M. M., Moayyedi P. Systematic review with meta-analysis: the efficacy of prebiotics, probiotics, synbiotics and antibiotics in irritable bowel syndrome. Aliment Pharmacol Ther. 2018; 48(10):1044–1060. doi:10.1111/apt.15001.

12. Kim H. J., Vazquez Roque M. I., Camilleri M., Stephens D., Burton D. D., Baxter K., Thomforde G., Zinsmeister A. R. A randomized controlled trial of a probiotic combination VSL# 3 and placebo in irritable bowel syndrome with bloating. Neurogastroenterol Motil. 2005; 17(5):687–96. doi:10.1111/j.1365–2982.2005.00695.x.

13. Simrén M., Ohman L., Olsson J., Svensson U., Ohlson K., Posserud I., Strid H. Clinical trial: the effects of a fermented milk containing three probiotic bacteria in patients with irritable bowel syndrome – a randomized, double-blind, controlled study. Aliment Pharmacol Ther. 2010; 31(2):218–27. doi:10.1111/j.1365–2036.2009.04183.x.

14. Suvorov A. What Is Wrong with Enterococcal Probiotics? Probiotics Antimicrob Proteins. 2020; 12(1):1–4. doi:10.1007/s12602–020–09633-y.

15. Suvorov А., Ermolenko E., Alechina G., Chernysh A., Karaseva A., Pierro F. Di. Enterococcus as probiotics: what is the advantage? Nutrafoods. 2019; 1:17–25. doi:10.17470/NF-019–0003.

16. DeSantis T.Z., Hugenholtz Р., Larsen N., et al. Greengenes, a chimera-checked 16S rRNA gene database and workbench compatible with ARB. Appl Environ Microbiol. 2006; 72(7):5069–72. doi:10.1128/AEM.03006–05.

17. McMurdie P.J., Holmes S. Phyloseq: an R package for reproducible interactive analysis and graphics of microbiome census data. PLoS One. 2013; 22; 8(4): e61217. doi:10.1371/journal.pone.0061217.

18. Алехина Г. Г., Суворов А. Н. Штамм энтерококков Enterococcus faecium l-3 для изготовления лечебно-профилактических средств и продуктов питания лечебно-профилактического назначения. Патент № 2220199, 2002.

19. Ermolenko E. I., Svirido D. A., Kotyleva M. P., Karaseva A. B., Simanenkov V. I., Suvorov A. N. Usage of indigenous enterococcus for the experimental irritable bowel syndrome treatment. [International Human Microbiome Consortium Congress]. Kaunas, 2016.

20. Abdurasulova I. N., Matsulevich A. V., Tarasova E. A., et al. Enterococcus faecium strain L-3 and glatiramer acetate ameliorate experimental allergic encephalomyelitis in rats by affecting different populations of immune cells. Benef Microbes. 2016; 7(5):719–729. doi:10.3920/BM2016.0018.

21. Miliukhina I., Ermolenko E., Ivanova A., Kotyleva M., Suvorov A. Probiotic correction of intestinal dysbiosis in Parkinson’s disease [abstract]. Mov Disord. 2017; 32 (suppl 2). https://www.mdsabstracts.org/abstract/probiotic-correction-of-intestinal-dysbiosis-inparkinsons-disease/.

22. Ермоленко E. И., Милюхина И. В., Цапиева А. Н., Алехина Г. Г., Истомина А. С., Грачева Е. В., Котылева М. П., Суворов А. Н. Способ уменьшения выраженности немоторных симптомов у пациентов, страдающих болезнью Паркинсона. Патент RU2734718C1, 2019.

23. Ермоленко Е. И., Котылева М. П., Буй Тхи Лан Ань, и Соавт. Исследование микробиоты кишечника жителей Вьетнама и России. Journal of Tropical Science and Technology. –2016. –№ 12.–Р. 24–35. ISSN: 0866–753512.

24. Ермоленко Е. И., Ерофеев Н. П., Захарова Л. Б., Парийская Е. Н., Котылева М. П., Крамская Т. А., Карасева А. Б., Суворов А. Н. Особенности состава микробиоты и моторики кишечника после коррекции экспериментального дисбиоза пробиотическими и аутопробиотическими энтерококками. Экспериментальная и клиническая гастроэнтерология. – 2017. – № 7. – С. 89–96.

25. Ermolenko E., Gromova L., Borschev Yu., et al. Influence of different probiotic lactic Acid bacteria on microbiota and metabolism of rats with dysbiosis. Biosci Microbiota Food Health. 2013; 32(2):41–9. doi:10.12938/bmfh.32.41.

26. Saulnier D. M., Riehle K., Mistretta T., et al. Gastrointestinal microbiome signatures of pediatric patients with irritable bowel syndrome. Gastroenterology. 2011; 141(5):1782–91. doi:10.1053/j.gastro.2011.06.072.

27. Zheng J., Wittouck S., Salvetti E., et al. A taxonomic note on the genus Lactobacillus: Description of 23 novel genera, emended description of the genus Lactobacillus Beijerinck 1901, and union of Lactobacillaceae and Leucono stocaceae. Int J Syst Evol Microbiol. 2020; 70(4):2782–2858. doi:10.1099/ijsem.0.004107.

28. Suvorov A., Karaseva A., Kotyleva M., et al. Auto probiotics as an Approach for Restoration of Personalised Microbiota. Front Microbiol. 2018; 9:1869. doi:10.3389/fmicb.2018.01869.

29. Le Chatelier E., Nielsen T., Qin J., Prift i E., Hildebrand F., Falony G., Almeida M., Arumugam M., Batto J. M., Kennedy S., Leonard P., Li J., Burgdorf K., Grarup N., Jørgensen T., Brandslund I., Nielsen H. B., Juncker A. S., Bertalan M., Levenez F., Pons N., Rasmussen S., Sunagawa S., Tap J., Tims S., Zoetendal E. G., Brunak S., Clément K., Doré J., Kleerebezem M., Kristiansen K., Renault P., Sicheritz-Ponten T., de Vos W. M., Zucker J. D., Raes J., Hansen T.; MetaHIT consortium, Bork P., Wang J., Ehrlich S. D., Pedersen O. Richness of human gut microbiome correlates with metabolic markers. Nature. 2013; 500(7464):541–6. doi:10.1038/nature12506.

30. Duncan S. H., Hold G. L., Barcenilla A., Stewart C. S., Flint H. J. Roseburia intestinalis sp. nov., a novel saccharolytic, butyrate-producing bacterium from human faeces. Int J Syst Evol Microbiol. 2002; 52(Pt 5):1615–1620. doi:10.1099/00207713–52–5–1615.

31. Marchesi J. R., Dutilh B. E., Hall N., Peters W. H., Roelofs R., Boleij A., Tjalsma H. Towards the human colorectal cancer microbiome. PLoS One. 2011; 6(5): e20447. doi:10.1371/journal.pone.0020447.

32. Rajilić-Stojanović M., Jonkers D. M., Salonen A., et al. Intestinal microbiota and diet in IBS: causes, consequences, or epiphenomena? Am J Gastroenterol. 2015; 110(2):278–87. doi:10.1038/ajg.2014.427.

33. Вахитов Т. Я., Ситкин С. И., Концепция суперорганизма в биологии и медицине. Экспериментальная и клиническая гастроэнтерология. – 2014. – Т. 107, № 7. – С. 72–85.

34. Bernalier A., Willems A., Leclerc M., Rochet V., Collins M. D. Ruminococcus hydrogenotrophicus sp. nov., a new H2/CO2-utilizing acetogenic bacterium isolated from human feces. Arch Microbiol. 1996; 166(3):176–83. doi:10.1007/s002030050373.

35. Rey F. E., Faith J. J., Bain J., Muehlbauer M. J., Stevens R. D., Newgard C. B., Gordon J. I. Dissecting the in vivo metabolic potential of two human gut acetogens. J Biol Chem. 2010; 285(29):22082–90. doi:10.1074/jbc.M110.117713.

36. Ушкалова Е. А. Роль пробиотиков в гастроэнтерологии. Фарматека. – 2007. – № 6. – С. 18–25.

37. Drouault-Holowacz S., Bieuvelet S., Burckel A., Cazaubiel M., Dray X., Marteau P. A double blind randomized controlled trial of a probiotic combination in 100 patients with irritable bowel syndrome. Gastroenterol Clin Biol. 2008; 32(2):147–52. doi:10.1016/j.gcb.2007.06.001.

38. Enck P., Zimmermann K., Menke G., Klosterhalfen S. Randomized controlled treatment trial of irritable bowel syndrome with a probiotic E.-coli preparation (DSM17252) compared to placebo. Z Gastroenterol. 2009; 47(2):209–14. doi:10.1055/s-2008–1027702.

39. Kajander K., Myllyluoma E., Rajilic-Stojanovic M., et al. Clinical trial: multispecies probiotic supplementation alleviates the symptoms of irritable bowel syndrome and stabilizes intestinal microbiota. Aliment Pharmacol Th er. 2008; 27(1):48–57. doi:10.1111/j.1365–2036.2007.03542.x.