Изменения таксономического состава микробиоты кишечника под влиянием эрадикационной терапии Helicobacter pylori

Цель исследования: изучить состав микробиоты кишечника у H. pylori-негативных и H. pylori-позитивных пациентов, а также оценить влияние эрадикационной терапии H. pylori на состав кишечной микробиоты сразу после и через один месяц после завершения терапии. Материалы и методы: для анализа были использованы образцы кала 93 H. pylori-позитивных и 42 H. pylori-негативных (контрольная группа) пациентов. Образцы кала сразу после и через один месяц после завершения эрадикационной терапии были собраны у 93 и 14 пациентов соответственно. Оценка состава микробиоты кишечника, в том числе оценка альфа-разнообразия (индекс Шеннона) проводилась методом шотган-секвенирования. Результаты: в микробиоте кишечника H. pylori-позитивных пациентов до начала терапии наиболее широко были представлены бактерии филы Firmicutes (56,73±21,81)%, Bacteroidetes (35,97±23,65)%, Actinobacteria (2,42±4,24)%, Proteobacteria (2,37±7,00)%, Verrucomicrobia (0,94±2,54)%. Сразу после эрадикационной терапии отмечалось снижение числа бактерий фил Verrucomicrobia, Actinobacteria, и, наоборот, увеличение представленности фила Proteobacteria. Через 4 недели после эрадикационной терапии представленность этих фил не отличалась от исходного уровня. Представленность бактерий филы Firmicutes имела тенденцию к снижению сразу после завершения эрадикации, через один месяц отмечалось дальнейшее снижение их представленности. У H. pylori-позитивных пациентов до начала лечения преобладающими в микробиоте были бактерии родов Bacteroides (15,1±17,32)%, Prevotella (14,07±21,60)%, Eubacterium (13,79±10,49)%, Faecalibacterium (6,26±5,85)%, Ruminococcus (5,61±6,00)%, Subdoligranulum (5,34±5,77)%, Butyrivibrio (4,57±13,26)%. Сразу после терапии представленность почти всех этих родов уменьшилась, за исключением Bacteroides, относительное количество которых увеличилось. Представленность бактерий родов Escherichia и Klebsiella также увеличилась. Через один месяц после завершения лечения наблюдалась тенденция к возвращению к исходному уровню представленности большинства родов бактерий. Заключение: таким образом, эрадикационная терапия H. pylori оказывает влияние на состав микробиоты кишечника. Некоторые изменения сохраняются спустя один месяц после завершения терапии.

микробиота кишечника, H. pylori, метагеном, эрадикационная терапия, шотган-секвенирование, gut microbiota, H. pylori, metagenome, eradication therapy, shotgun sequencing