Изучение роли генетических факторов, кишечной микробиоты и состояния иммунной системы в патогенезе воспалительных заболеваний кишечника обусловлено продолжающимся ростом заболеваемости язвенным колитом и болезнью Крона, неизвестной этиологией, недостаточно изученным патогенезом данных заболеваний и недостаточной эффективностью существующих методов лечения. В последние годы широко обсуждается роль генетических факторов, детерминирующих предрасположенность к развитию аутоиммунных реакций, приводящих к формированию хронического воспаления, а также ассоциации генетических факторов и определенного состава кишечной микробиоты в патогенезе воспалительных заболеваний кишечника. Изменения кишечного микробиома рассматриваются в качестве одного из триггеров формирования аутоиммунного воспаления. При этом ключевым дефектом, предрасполагающим к развитию воспалительных заболеваний кишечника, является нарушение распознавания бактериальных молекулярных маркеров дендритными клетками, что приводит к активации Th1, Th2 и Th17 адаптивных субпопуляций лимфоцитов. Не исключается, что именно особенности состава кишечной микробиоты могут быть причиной индукции хронического аутоиммунного воспаления при воспалительных заболеваниях кишечника.