nogrЭкспериментальная и клиническая гастроэнтерологияExperimental and Clinical Gastroenterology1682-8658«Global Media Technologies»10.31146/1682-8658-ecg-207-11-80-85nogr-2191Research ArticleМИКРОБИОЦЕНОЗЫMICROBIOCENOSESМикробиота тонкой кишки у больных с COVID-19Microbiota of the small intestine in patients with COVID-19https://orcid.org/0000-0002-3351-6084КарпееваЮ. С.KarpeevaYu. S.povetyevaj@yandex.ruhttps://orcid.org/0000-0002-5978-5557КликуноваК. А.KlikunovaK. A.noemail@neicon.ruhttps://orcid.org/0000-0002-3344-8026ПлатоноваА. Г.PlatonovaA. G.noemail@neicon.ruhttps://orcid.org/0000-0002-7115-1768БалуковаЕ. В.BalukovaE. V.noemail@neicon.ruФедеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Санкт-Петербургский государственный педиатрический медицинский университет»; Федеральное государственное бюджетное учреждение «КДЦ с поликлиникой» УДП РФРоссияSaint Petersburg State Pediatrics Medical University; The Consultative and Diagnostic Centre with Polyclinic of the Administration of the President of the Russian FederationRussian FederationФедеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Санкт-Петербургский государственный педиатрический медицинский университет»РоссияSaint Petersburg State Pediatrics Medical UniversityRussian FederationЛаборатория микробной хроматографии ООО «Медбазис»РоссияLaboratory of microbial chromatography “MedBazis”Russian FederationФедеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Санкт-Петербургский государственный университет»РоссияSaint Petersburg State UniversityRussian Federation2022230120230118085Copyright © Карпеева Ю.С., Кликунова К.А., Платонова А.Г., Балукова Е.В., 20232023Карпеева Ю.С., Кликунова К.А., Платонова А.Г., Балукова Е.В.Karpeeva Y.S., Klikunova K.A., Platonova A.G., Balukova E.V.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.nogr.org/jour/article/view/2191

На сегодняшний день остается актуальным вопросом исследование взаимосвязи кишечного микробиома и инфекции COVID-19. Как известно, ЖКТ является входными воротами инфекции SARS-CoV2, а распространенность гастроинтестинальных проявлений достигает 17,6%. Проведенные исследования свидетельствуют в пользу изменения состава микрофлоры кишечника у пациентов с COVID-19 по сравнению с пациентами без респираторной инфекции, изучается их влияние на течение и прогноз заболевания.

To date, the study of the relationship between the intestinal microbiome and COVID-19 infection remains a topical issue. As is known, the gastrointestinal tract is the entrance gate for SARS-CoV2 infection, and the prevalence of gastrointestinal manifestations reaches 17,6%. The conducted studies testify in favor of changes in the composition of the intestinal microflora in patients with COVID-19 compared with patients without a respiratory infection, their influence on the course and prognosis of the disease is being studied.

инфекция Covid-19микробиом кишечникаCovid-19 infectiongut microbiomeReferencesBelmer S.V., Khavkin A. I., Aleshina E. O., et al.Intestinal microbiota in children: norm, disorders, correction. Edd. by S. V. Belmer, A. I. Khavkin. Moscow, 2020:472. (in Russ.).@@ Бельмер С. В., Хавкин А. И., Алешина Е. О. и др. Кишечная микробиота у детей: норма, нарушения, коррекция. Под редакцией С. В. Бельмера, А. И. Хавкина. Москва, 2020:472.Belmer S.V., Khavkin A. I., Aleshina E. O., et al.Intestinal microbiota in children: norm, disorders, correction. Edd. by S. V. Belmer, A. I. Khavkin. Moscow, 2020:472. (in Russ.).@@ Бельмер С. В., Хавкин А. И., Алешина Е. О. и др. Кишечная микробиота у детей: норма, нарушения, коррекция. Под редакцией С. В. Бельмера, А. И. Хавкина. Москва, 2020:472.Baryshnikova N.V., Gurova M. M., Ivanova I. I., et al. Microbiota of the gastrointestinal tract in chronic gastritis. Edd. by A. N. Suvorov, V. P. Novikova, I. Yu. Mel’nikova. St. Pet ersburg, 2014:210. (in Russ.).@@ Барышникова Н. В., Гурова М. М., Иванова И. И. и др. Микробиота желудочно-кишечного тракта при хроническом гастрите. Под редакцией А. Н. Суворова, В. П. Новиковой, И. Ю. Мельниковой. Санкт-Петербург, 2014:210.Baryshnikova N.V., Gurova M. M., Ivanova I. I., et al. Microbiota of the gastrointestinal tract in chronic gastritis. Edd. by A. N. Suvorov, V. P. Novikova, I. Yu. Mel’nikova. St. Pet ersburg, 2014:210. (in Russ.).@@ Барышникова Н. В., Гурова М. М., Иванова И. И. и др. Микробиота желудочно-кишечного тракта при хроническом гастрите. Под редакцией А. Н. Суворова, В. П. Новиковой, И. Ю. Мельниковой. Санкт-Петербург, 2014:210.Kozhevnikov A.A., Raskina K. V., Martynova E. Yu. et al.Intestinal microbiota: modern concepts of the species composition, functions and diag-nostic techniques. RMJ. 2017;17:1244-1247. (in Russ.).@@ Кожевников А. А., Раскина К. В., Мартынова Е. Ю. и др. Кишечная микробиота: современные представления о видовом составе, функциях и методах исследования. РМЖ. 2017;17:1244-1247.Kozhevnikov A.A., Raskina K. V., Martynova E. Yu. et al.Intestinal microbiota: modern concepts of the species composition, functions and diag-nostic techniques. RMJ. 2017;17:1244-1247. (in Russ.).@@ Кожевников А. А., Раскина К. В., Мартынова Е. Ю. и др. Кишечная микробиота: современные представления о видовом составе, функциях и методах исследования. РМЖ. 2017;17:1244-1247.Shapovalova N.S., Novikova V. P. The role of the gut-brain axis in functional gastrointestinal disorders. Children’s medicine of the North-West. 2021;9(4):33-51. (in Russ.). ID: 47578965.@@ Шаповалова Н. С., Новикова В. П. Ось кишечник-мозг и ее роль в развитии функциональных гастроинтестинальных расстройств. Children’s Medicine of the North-West. 2021;9(4): 33-50.Shapovalova N.S., Novikova V. P. The role of the gut-brain axis in functional gastrointestinal disorders. Children’s medicine of the North-West. 2021;9(4):33-51. (in Russ.). ID: 47578965.@@ Шаповалова Н. С., Новикова В. П. Ось кишечник-мозг и ее роль в развитии функциональных гастроинтестинальных расстройств. Children’s Medicine of the North-West. 2021;9(4): 33-50.Karpeeva YU.S., Novikova V. P., Khavkin A. I. Microbiota and human diseases. Vopr. dietol. (Nutrition). 2020;10(4):45-53. (in Russ.) doi: 10.20953/2224-5448-2020-4-45-53.@@ Карпеева Ю. С., Новикова В. П., Хавкин А. И. Микробиота и болезни человека. Вопросы диетологии. 2020;10(4):45-53. doi: 10.20953/2224-5448-2020-4-45-53.Karpeeva YU.S., Novikova V. P., Khavkin A. I. Microbiota and human diseases. Vopr. dietol. (Nutrition). 2020;10(4):45-53. (in Russ.) doi: 10.20953/2224-5448-2020-4-45-53.@@ Карпеева Ю. С., Новикова В. П., Хавкин А. И. Микробиота и болезни человека. Вопросы диетологии. 2020;10(4):45-53. doi: 10.20953/2224-5448-2020-4-45-53.Novikova V.P., Havkin A. I., Gorelov A. V., Polunina A. V. The lung-gut axis and COVID -19. Infekc. bolezni (Infectious diseases). 2021;19(1):91-96. (in Russ.) doi: 10.20953/1729-9225-2021-1-91-96.@@ Новикова В. П., Хавкин А. И., Горелов А. В., Полунина А. В. Ось «легкие-кишечник» и COVID-19. Инфекционные болезни. 2021;19(1):91-96. doi: 10.20953/1729-9225-2021-1-91-96.Novikova V.P., Havkin A. I., Gorelov A. V., Polunina A. V. The lung-gut axis and COVID -19. Infekc. bolezni (Infectious diseases). 2021;19(1):91-96. (in Russ.) doi: 10.20953/1729-9225-2021-1-91-96.@@ Новикова В. П., Хавкин А. И., Горелов А. В., Полунина А. В. Ось «легкие-кишечник» и COVID-19. Инфекционные болезни. 2021;19(1):91-96. doi: 10.20953/1729-9225-2021-1-91-96.Novikova V.P., Listopadova A. P., Kosenkova T. V., et al. Gut microbiota in children with asthma. Preventive and Clinical Medicine. 2017;4 (65):30-34. (in Russ.).@@ Новикова В. П., Листопадова А. П., Косенкова Т. В., Павлова С. Е., Демченкова О. А. Кишечная микробиота у детей с бронхиальной астмой. Профилактическая и клиническая медицина. 2017;4(65):30-34.Novikova V.P., Listopadova A. P., Kosenkova T. V., et al. Gut microbiota in children with asthma. Preventive and Clinical Medicine. 2017;4 (65):30-34. (in Russ.).@@ Новикова В. П., Листопадова А. П., Косенкова Т. В., Павлова С. Е., Демченкова О. А. Кишечная микробиота у детей с бронхиальной астмой. Профилактическая и клиническая медицина. 2017;4(65):30-34.Woodall C.A., McGeoch L.J., Hay A. D., Hammond A. Respiratory tract infections and gut microbiome modifications: A systematic review. PLoS One. 2022; Jan 13;17(1): e0262057. doi: 10.1371/journal.pone.0262057.Woodall C.A., McGeoch L.J., Hay A. D., Hammond A. Respiratory tract infections and gut microbiome modifications: A systematic review. PLoS One. 2022; Jan 13;17(1): e0262057. doi: 10.1371/journal.pone.0262057.Novikova V.P., Polunina A. V. The composition of the intestinal microbiota in COVID infection (review). Preventive and clinical medicine. 2020;4 (77):81-86. (in Russ.) doi: 10.47843/2074-9120_2020_4_81.@@ Новикова В. П., Полунина А. В. Состав кишечной микробиоты при COVID-инфекции (научный обзор). Профилактическая и клиническая медицина. 2020;4 (77):81-86. doi: 10.47843/2074-9120_2020_4_81.Novikova V.P., Polunina A. V. The composition of the intestinal microbiota in COVID infection (review). Preventive and clinical medicine. 2020;4 (77):81-86. (in Russ.) doi: 10.47843/2074-9120_2020_4_81.@@ Новикова В. П., Полунина А. В. Состав кишечной микробиоты при COVID-инфекции (научный обзор). Профилактическая и клиническая медицина. 2020;4 (77):81-86. doi: 10.47843/2074-9120_2020_4_81.Rajput S., Paliwal D., Naithani M., Kothari A., Meena K., Rana S. COVID-19 and Gut Microbiota: A Potential Connection. Indian J Clin Biochem. 2021; Jan 21;36(3):1-12. doi: 10.1007/s12291-020-00948-9.Rajput S., Paliwal D., Naithani M., Kothari A., Meena K., Rana S. COVID-19 and Gut Microbiota: A Potential Connection. Indian J Clin Biochem. 2021; Jan 21;36(3):1-12. doi: 10.1007/s12291-020-00948-9.Silan Gu., Yanfei Chen, Zhengjie Wu., Yunbo Chen, et al. Alterations of the Gut Microbiota in Patients With Coronavirus Disease 2019 or H1N1 Influenza. Clinical Infectious Diseases. 2020; Dec17;71(10):2669-2678. doi: 10.1093/cid/ciaa709.Silan Gu., Yanfei Chen, Zhengjie Wu., Yunbo Chen, et al. Alterations of the Gut Microbiota in Patients With Coronavirus Disease 2019 or H1N1 Influenza. Clinical Infectious Diseases. 2020; Dec17;71(10):2669-2678. doi: 10.1093/cid/ciaa709.Wölfel R., Corman V. M., Guggemos W. et al. Virological assessment of hospitalized patients with COVID-2019. Nature. 2020;581(7809):465-469. doi: 10.1038/s41586-020-2196-x.Wölfel R., Corman V. M., Guggemos W. et al. Virological assessment of hospitalized patients with COVID-2019. Nature. 2020;581(7809):465-469. doi: 10.1038/s41586-020-2196-x.Xiao F., Tang M., Zheng X. Liu Y., Li X., Shan H. Evidence for gastrointestinal infection of SARS-CoV-2. Gastroenterology. 2020; S0016-5085(20)30282-1. doi: 10.1053/j.gastro.2020.02.055.Xiao F., Tang M., Zheng X. Liu Y., Li X., Shan H. Evidence for gastrointestinal infection of SARS-CoV-2. Gastroenterology. 2020; S0016-5085(20)30282-1. doi: 10.1053/j.gastro.2020.02.055.Zhang W., Du R. H., Li B., Xu D., Wang J., Li Z. & Lin J. Molecular and serological investigation of 2019-nCoV infected patients: implication of multiple shedding routes. Emerg Microbes Infect. 2020;9(1):386-389. doi: 10.1080/22221751.2020.1729071.Zhang W., Du R. H., Li B., Xu D., Wang J., Li Z. & Lin J. Molecular and serological investigation of 2019-nCoV infected patients: implication of multiple shedding routes. Emerg Microbes Infect. 2020;9(1):386-389. doi: 10.1080/22221751.2020.1729071.Chen N., Zhou M., Dong X., et al. Epidemiological and clinical characteristics of 99 cases of 2019 novel coronavirus pneumonia in Wuhan, China: a descriptive study. Lancet. 2020;395(10223):507-513. doi: 10.1016/S0140-6736(20)30211-7.Chen N., Zhou M., Dong X., et al. Epidemiological and clinical characteristics of 99 cases of 2019 novel coronavirus pneumonia in Wuhan, China: a descriptive study. Lancet. 2020;395(10223):507-513. doi: 10.1016/S0140-6736(20)30211-7.Zuo T., Liu Q., Zhang F., et al. Depicting SARS-CoV-2 faecal viral activity in association with gut microbiota composition in patients with COVID-19. Gut. 2020;70(2): ID 322294. doi: 10.1136/gutjnl-2020-322294.Zuo T., Liu Q., Zhang F., et al. Depicting SARS-CoV-2 faecal viral activity in association with gut microbiota composition in patients with COVID-19. Gut. 2020;70(2): ID 322294. doi: 10.1136/gutjnl-2020-322294.Josef M. Penninger, Maria B. Grant, Joseph J. Y. Sung. The Role of Angiotensin Converting Enzyme 2 in Modulating Gut Microbiota, Intestinal Inflammation, and Coronavirus Infection. The American Journal of Gastroenterology. 2021;160(1):39-46. doi: 10.1053/j.gastro.2020.07.067.Josef M. Penninger, Maria B. Grant, Joseph J. Y. Sung. The Role of Angiotensin Converting Enzyme 2 in Modulating Gut Microbiota, Intestinal Inflammation, and Coronavirus Infection. The American Journal of Gastroenterology. 2021;160(1):39-46. doi: 10.1053/j.gastro.2020.07.067.Shenoy S. Gut microbiome, Vitamin D, ACE2 interactions are critical factors in immune-senescence and inflammaging: key for vaccine response and severity of COVID-19 infection. Inflamm Res. 2022;71(1):13-26. doi: 10.1007/s00011-021-01510-w.Shenoy S. Gut microbiome, Vitamin D, ACE2 interactions are critical factors in immune-senescence and inflammaging: key for vaccine response and severity of COVID-19 infection. Inflamm Res. 2022;71(1):13-26. doi: 10.1007/s00011-021-01510-w.Xavier-Santos D., Padilha M., Fabiano G. A., Vinderola G., Gomes Cruz A., Sivieri K., Costa Antunes A. E. Evidences and perspectives of the use of probiotics, prebiotics, synbiotics, and postbiotics as adjuvants for prevention and treatment of COVID-19: A bibliometric analysis and systematic review. Trends Food Sci Technol. 2022;120:174-192. doi: 10.1016/j.tifs.2021.12.033.Xavier-Santos D., Padilha M., Fabiano G. A., Vinderola G., Gomes Cruz A., Sivieri K., Costa Antunes A. E. Evidences and perspectives of the use of probiotics, prebiotics, synbiotics, and postbiotics as adjuvants for prevention and treatment of COVID-19: A bibliometric analysis and systematic review. Trends Food Sci Technol. 2022;120:174-192. doi: 10.1016/j.tifs.2021.12.033.Nguyen Q.V., Chong L. C., Hor Y. Y., Lew L. C., Rather I. A., Choi S. B. Role of Probiotics in the Management of COVID-19: A Computational Perspective. Nutrients. 2022;10;14(2):274. doi: 10.3390/nu14020274.Nguyen Q.V., Chong L. C., Hor Y. Y., Lew L. C., Rather I. A., Choi S. B. Role of Probiotics in the Management of COVID-19: A Computational Perspective. Nutrients. 2022;10;14(2):274. doi: 10.3390/nu14020274.Chen J., Vitetta L., Henson J. D., Hall S. The intestinal microbiota and improving the efficacy of COVID-19 vaccinations. J Funct Foods. 2021; Dec;87:104850. doi: 10.1016/j.jff.2021.104850.Chen J., Vitetta L., Henson J. D., Hall S. The intestinal microbiota and improving the efficacy of COVID-19 vaccinations. J Funct Foods. 2021; Dec;87:104850. doi: 10.1016/j.jff.2021.104850.Osipov G.A., Boyko N. B., Novikova V. P., Grinevich V. B. The method of mass spectrometry of microbial markers as a way to assess the parietal intestinal microbiota in diseases of the digestive system. Edd. by G. A. Osipov, V. P. Novikova. Saint Petersburg, 2013:96. (in Russ.).@@ Осипов Г. А., Бойко Н. Б., Новикова В. П., Гриневич В. Б. и др. Методика масс-спектрометрии микробных маркеров как способ оценки пристеночной кишечной микробиоты при заболеваниях органов пищеварения. Под редакцией Г. А. Осипова, В. П. Новиковой. Санкт-Петербург, 2013:96.Osipov G.A., Boyko N. B., Novikova V. P., Grinevich V. B. The method of mass spectrometry of microbial markers as a way to assess the parietal intestinal microbiota in diseases of the digestive system. Edd. by G. A. Osipov, V. P. Novikova. Saint Petersburg, 2013:96. (in Russ.).@@ Осипов Г. А., Бойко Н. Б., Новикова В. П., Гриневич В. Б. и др. Методика масс-спектрометрии микробных маркеров как способ оценки пристеночной кишечной микробиоты при заболеваниях органов пищеварения. Под редакцией Г. А. Осипова, В. П. Новиковой. Санкт-Петербург, 2013:96.Gurova М.М., Romanova T. A., Novikova V. P., Avilova I. A. Application of the method of chromatography-mass spectrometry to assess the state of intestinal microflora. Medical equipment. 2015;1 (289):9-10. (in Russ.).@@ Гурова М. М., Романова Т. А., Новикова В. П., Авилова И. А. Применение метода хромато-масс-спектрометрии для оценки состояния микрофлоры кишечника. Медицинская техника. 2015;1(289):9-10.Gurova М.М., Romanova T. A., Novikova V. P., Avilova I. A. Application of the method of chromatography-mass spectrometry to assess the state of intestinal microflora. Medical equipment. 2015;1 (289):9-10. (in Russ.).@@ Гурова М. М., Романова Т. А., Новикова В. П., Авилова И. А. Применение метода хромато-масс-спектрометрии для оценки состояния микрофлоры кишечника. Медицинская техника. 2015;1(289):9-10.Osipov G.A., Verkhovtseva N. V. Study of human microecology by mass spectrometry of microbial markers. Benef. Microbes. 2011;2(1): 63-78. doi: 10.3920/BM2010.0017.Osipov G.A., Verkhovtseva N. V. Study of human microecology by mass spectrometry of microbial markers. Benef. Microbes. 2011;2(1): 63-78. doi: 10.3920/BM2010.0017.Matalygina O. A.Intestinal endotoxin and its role in the physiology and pathology of childhood. Vorontsov readings. Materials of the X anniversary scientific and practical conference. Saint Petersburg, 2017:91-97. (in Russ.).@@ Маталыгина О. А. Кишечный эндотоксин и его роль в физиологии и патологии детского возраста. Воронцовские чтения. Материалы X юбилейной научно-практической конференции. Санкт-Петербург, 2017: 91-97.Matalygina O. A.Intestinal endotoxin and its role in the physiology and pathology of childhood. Vorontsov readings. Materials of the X anniversary scientific and practical conference. Saint Petersburg, 2017:91-97. (in Russ.).@@ Маталыгина О. А. Кишечный эндотоксин и его роль в физиологии и патологии детского возраста. Воронцовские чтения. Материалы X юбилейной научно-практической конференции. Санкт-Петербург, 2017: 91-97.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.