Цель исследования: изучить состав микробиоты кишечника у H. pylori-негативных и H. pylori-позитивных пациентов, а также оценить влияние эрадикационной терапии H. pylori на состав кишечной микробиоты сразу после и через один месяц после завершения терапии. Материалы и методы: для анализа были использованы образцы кала 93 H. pylori-позитивных и 42 H. pylori-негативных (контрольная группа) пациентов. Образцы кала сразу после и через один месяц после завершения эрадикационной терапии были собраны у 93 и 14 пациентов соответственно. Оценка состава микробиоты кишечника, в том числе оценка альфа-разнообразия (индекс Шеннона) проводилась методом шотган-секвенирования. Результаты: в микробиоте кишечника H. pylori-позитивных пациентов до начала терапии наиболее широко были представлены бактерии филы Firmicutes (56,73±21,81)%, Bacteroidetes (35,97±23,65)%, Actinobacteria (2,42±4,24)%, Proteobacteria (2,37±7,00)%, Verrucomicrobia (0,94±2,54)%. Сразу после эрадикационной терапии отмечалось снижение числа бактерий фил Verrucomicrobia, Actinobacteria, и, наоборот, увеличение представленности фила Proteobacteria. Через 4 недели после эрадикационной терапии представленность этих фил не отличалась от исходного уровня. Представленность бактерий филы Firmicutes имела тенденцию к снижению сразу после завершения эрадикации, через один месяц отмечалось дальнейшее снижение их представленности. У H. pylori-позитивных пациентов до начала лечения преобладающими в микробиоте были бактерии родов Bacteroides (15,1±17,32)%, Prevotella (14,07±21,60)%, Eubacterium (13,79±10,49)%, Faecalibacterium (6,26±5,85)%, Ruminococcus (5,61±6,00)%, Subdoligranulum (5,34±5,77)%, Butyrivibrio (4,57±13,26)%. Сразу после терапии представленность почти всех этих родов уменьшилась, за исключением Bacteroides, относительное количество которых увеличилось. Представленность бактерий родов Escherichia и Klebsiella также увеличилась. Через один месяц после завершения лечения наблюдалась тенденция к возвращению к исходному уровню представленности большинства родов бактерий. Заключение: таким образом, эрадикационная терапия H. pylori оказывает влияние на состав микробиоты кишечника. Некоторые изменения сохраняются спустя один месяц после завершения терапии.
The aim of the study: to evaluate the composition of gut microbiota in H. pylori-negative and H. pylori-positive patients, as well as to assess the influence of H. pylori eradication therapy on the gut microbiota composition immediately after and one month after completion of therapy. Materials and methods: stool samples from 93 H. pylori-positive and 42 H. pylori-negative (control group) patients were used for analysis. Stool samples immediately after and one month after completion of therapy were collected from 93 and 14 patients, respectively. Gut microbiota composition assessment including the evaluation of alpha diversity (Shannon index) was performed by shotgun sequencing. Results: Firmicutes (56,73±21,81)%, Bacteroidetes (35,97±23,65)%, Actinobacteria (2,42±4,24)%, Proteobacteria (2,37±7,00)%, Verrucomicrobia (0,94±2,54)% were the most represented bacterial phyla in the gut microbiota of H. pylori-positive patients before the eradication therapy. Immediately after eradication therapy the number of Verrucomicrobia and Actinobacteria bacterial phyla decreased, and, conversely, the representation of Proteobacteria phylum increased. In 4 weeks the representation of these phyla did not differ from the initial level. Representation of Firmicutes phylum had a tendency to decrease immediately after the completion of eradication therapy; there was a further decrease in their representation in a month. Bacterial genera: Bacteroides (15,1±17,32)%, Prevotella (14,07±21,60)%, Eubacterium (13,79±10,49)%, Faecalibacterium (6,26±5,85)%, Ruminococcus (5,61±6,00)%, Subdoligranulum (5,34±5,77)%, Butyrivibrio (4,57±13,26)% were predominat in the gut microbiota in H. pylori-positive patients before the treatment. Immediately after therapy the representation of almost all these genera decreased, except Bacteroides which representation increased. The abundance of Escherichia and Klebsiella bacterial genera also increased. One month after the therapy a tendency to return to initial composition was observed for most of bacterial genera. Conclusion: thus, H. pylori eradication therapy affects the gut microbiota composition. Some changes persist for one month after completion of therapy.
The authors declare that there are no conflicts of interest present.